在主效应之后，接着引入二阶交互作用、然后是三阶交互作用，依此类推。二阶交互作用先与前面的项交叉，而后再引入新项。例如，对于按大小排序的主效应 A、B、C 和 D，B*C 在 A*D 之前进入。若因子有不止两个水平，还会考虑平方和高阶多项式项。

该过程会一直持续到获得 n 个效应（其中，n 是数据表中的行数），这会让模型完全饱和。若因子不可能完全饱和，JMP 会生成随机正交化的效应以吸收剩余的变异。这些效应标记为空 n，其中 n 是一个数字。例如，若设计中有完全重复的行就会出现这种情形。