JMPの「被覆配列」における［最適化］ボタンで実行されるアルゴリズムは、「構築後ランダム化最適化処理（post-construction randomized optimizers）」（Nayeri et al.; 2013）とも呼ばれている系統のアルゴリズムに似ています。しかし、JMPでは、制約のある計画にも対応しています。JMPでは、制約のある場合や充足不可能な制約が課されている場合でも、最適化できます。

JMPのアルゴリズムは、最適化する計画は指定された強度の被覆配列になりうると仮定します。K個の因子を使った強度tの計画では、KCt個の組み合わせにおいて因子射影を反復的に検討し、除外できる実験や結合できる実験を特定していきます。そのため、Kやtが大きくなると、アルゴリズムの計算時間が急激に長くなります。JMPでは、性能を改善するために、処理がマルチスレッド化されており、コンピュータのCPUコアをなるべく多く使用します。