JMPの起動時に必ず実行したいスクリプトにはjmpStart.jslという名前を付け、使用しているオペレーティングシステムに応じて、次のフォルダに格納します。起動時に、JMPはここにリストされた順番でフォルダ内のjmpStart.jslスクリプトを検索します。最初に検出されたjmpStart.jslスクリプトが実行され、検索は直ちに停止します。

jmpStart.jslスクリプトは、コンピュータ上の特定のユーザに対してのみ実行されます。jmpStartAdmin.jslという名前をつけたスクリプトを、使用しているオペレーティングシステムに応じて次のいずれかの場所に格納できます。このスクリプトは、コンピュータ上のすべてのユーザに対して実行されます。JMPはまず管理者のスタートアップスクリプトを検索し、見つかればそれを実行します。次にユーザのスタートアップスクリプトを検索し、見つかればそれを実行します。