判別分析は、複数の応答変数の値に基づいて、1つの分類変数の水準を予測する方法です。この予測方法では、応答変数の値がどの水準の平均に近いかが基準となります。なお、より複雑な判別分析には「判別分析」プラットフォームが適しています（『多変量分析』の判別分析を参照）。
JMPの判別分析では、応答変数をY、分類に使う分類変数（1つ）をXに指定します。すると、各グループ内の共分散行列が等しいという仮定のもとで、平均と共分散行列の推定値が計算されます。判別分析の結果を表示させるには、「MANOVA」プラットフォーム名の隣にある赤い三角ボタンメニューから［判別結果の保存］を選択します。これにより、初期のE行列およびH行列を使って、距離と確率が計算され、データテーブルに保存されます。
分類変数の水準数をkとすると、距離を含む列がk列、確率を含む列がk列、分類グループを含む列が1列、そして他の計算情報を含む列が2列、データテーブルに追加されます。