Hierarchical Data Format、バージョン5（HDF5）は、データを保存するためのポータブルファイル形式です。HDF5ファイルはグループとデータセットで構成されています。ファイルを読み込むとき、JMPはグループを開きます。このグループには、データセットの名前が含まれています。たとえば、曲とアーティストのテーブルを含む音楽レコーディングのデータのファイルを開くときには、曲とアーティストのどちらのテーブルを開くかを尋ねるメッセージが表示されます。ファイルにグループが含まれていない場合は、単一のテーブルを開くように指示されます。
JMPで処理できるのは、数値タイプ（整数、浮動小数、倍精度数）と文字列タイプを含むテーブルと、単純なタイプのみを含む3次元以下の複合ファイルに限られます。読み込みウィンドウにデータセットが表示されない場合、そのファイルはおそらくサポートされていません。
読み込める列は1,000,000個までで、行の数には制限はありません。
注: HDF5ファイルでサポートされているのはASCII文字だけです。フランス語の文字や漢字などの非ASCII文字はサポートされていません。
HDF5ファイルを読み込むには、以下の手順で操作します。
1. ［ファイル］>［開く］を選択します。
2. （Windows）ファイル名リストから［すべてのJMPファイル］または［HDF5データファイル］が選択されていることを確認します。
3. HDF5ファイルを選択します。
ファイルに含まれているグループまたはデータセットのリストが表示されます。
4. 読み込むデータセットを選択し、［読み込み］をクリックします。
データがデータテーブルとして開きます。