仮定したモデルには含めなかった効果が、実際には応答に影響している状況もありえます。「交絡項」アウトラインには、仮定したモデルには含まれていないものの、モデル項の推定値にバイアス（偏り）を与えている可能性がある効果を指定します。交絡行列（alias matrix）は、「交絡項」アウトラインで指定した効果が、パラメータ推定値のバイアス（偏り）に与える大きさを示したものです。交絡行列を参照してください。
デフォルトでは、「交絡項」アウトラインには「モデル」アウトラインに含まれていない2次交互作用効果がすべて含まれます（ブロック因子に関連する項を除く）。項は、ボタンを使って追加または削除できます。ボタンを使って「交絡項」に効果を追加する方法については、モデルを参照してください。
「計画の評価」プラットフォームでは、「交絡行列」に含まれる効果に変更を加えると、それに応じてただちに「交絡行列」アウトラインが更新されます。一方、「カスタム計画」プラットフォームでは、「交絡項」アウトラインで効果に変更を加えた後、［計画の作成］をクリックする必要があります。なお、これら以外の「実験計画(DOE)」プラットフォームには、「交絡項」アウトラインがありません。しかし、計画を作成した後、「計画の評価」アウトラインの下に「交絡行列」アウトラインが表示されます。