JMP 15.0では、存在しないファイルをコピー・移動・名前変更・削除しようとするとエラーになりましたが、バージョン16.0は0を戻します。
Row Selection()において、Match Case、Match Case()、Match Case(1)と指定するか、Match Caseを指定しなかった場合、大文字/小文字を区別したマッチが行われます。Match Case(0)は、大文字/小文字を区別しないマッチを行います。JMP 15以前のバージョンでは、Row Selection()は、Match Caseを指定しなかった場合、大文字/小文字を区別しないマッチを行ってました。
新しい「イベントを示す水準」列プロパティを使うと、二値応答に対するロジスティック回帰モデルで関心のある水準を指定することができます。JMP16以降では、この「イベントを示す水準」のデフォルトが、データとして並べ替えた時に後ろにくる水準となりました。この変更により、ロジスティック曲線の傾き、線形式部分における推定値の符号、プロファイルの形状、ROC曲線で陽性と見なす水準などが変わってきます。以前のバージョンにおけるデフォルトの結果と同じ結果とするには、「モデルのあてはめ」または「二変量の関係」のロジスティック回帰モデルにおける「イベントを示す水準」を指定する必要があります。
Open()が、（たとえばPDF、HDF5、Excelファイルを読み込む際に）複数のデータテーブルが作成されると、データテーブルのリストを戻すようになりました。これまでOpen()コマンドは、複数のテーブルが作成された場合でも1つのテーブルを戻しました。
引数に指定された形式が無効である場合、Format()やInformat()などの形式を用いる関数において、指定された形式が不明である旨のメッセージがログに書き込まれるようになりました。これまでは、指定された形式が無効な場合でも、ただ、m/d/yを適用した結果だけを戻していました。
「グラフ背景色」の環境設定が、等高線図における凡例の背景色に影響しなくなりました。これまでは、グラフの背景色と凡例の背景色の両方に、「グラフ背景色」の環境設定が適用されていました。