起動ウィンドウでカテゴリカル変数をYに指定すると、その変数は指示変数（ダミー変数）に変換されます。その変数にk水準がある場合、該当する水準では1、それ以外は0の値をもつ、k個の指示変数に変換されます。そして、そのk個の指数変数が連続変数として扱われ、Yが連続変数のときと同様のPLS分析が行われます。