「判別分析」起動ウィンドウには、［共分散行列の縮小］というオプションがあります。このオプションは、標本サイズが小さいグループがある場合に役立ちます。判別分析では、共分散行列の逆行列を計算する必要があります。非対角要素を縮小することで、それらの安定性を改善し、予測におけるばらつきを軽減します。［共分散行列の縮小］オプションは、Schafer and Strimmer（2005）によって説明されている手法で算出された係数によって、非対角要素を縮小します。
起動ウィンドウで、［共分散行列の縮小］オプションを選択し、線形判別を選択した場合は、適切なλ（ラムダ）とγ（ガンマ）の値を設定した正則化判別法が行われます。［共分散行列の縮小］オプションを選択して分析を実行した場合、「縮小率」レポートに「縮小率」と「λ」が表示されます。正則化法を選択して、「正則化パラメータ」ウィンドウでλを1に指定し、またγをこの「縮小率」レポートの「λ」の値に指定すると、同じ結果が得られます。