群直交過飽和計画の分析は、2段階になっています。1段階目では、どの群に有効な効果があるかを調べます。
• まず、疑似因子からsの推定値を求めまず。疑似因子はその後の分析には使いません。
• 複数の因子で構成された各群の有意性を求めます。
2段階目では、有効（アクティブ）な群の中で、個々の因子の有意性を求めます。その際、特定の基準が満たされるまで2次効果が追加されていきます。この方法については、Jones and Nachtsheim（2016）を参照してください。統計的詳細については、Jones et al.（2019）を参照してください。