效应遗传原则指的是在模型中应该加入高阶效应对应的低阶成分。该原则来源于观测上的证据，即：具有较小主效应的因子往往不会有显著的交互作用效应。
强效应遗传要求将模型效应的所有低阶成分都包含在模型中。假定模型中有一个三因子交互作用 (ABC)，那么其所有成分主效应和双因子交互作用（A、B、C、AB、AC、BC）也都必须包含在模型中。
弱效应遗传要求仅在模型中包含模型效应的一个序列的低阶成分。若模型中有一个三因子交互作用，那么该模型必须包含涉及到的某一个因子以及涉及该因子的某一个双因子交互作用。假定模型中有一个三因子交互作用 (ABC)，那么，若 B 和 BC 也包含在模型中，则该模型满足弱效应遗传。
对于连续因子，效应遗传可确保模型对于因子位置和尺度的变化保持不变。