从对应两个假因子的四次试验计算了两个自由度的平方和误差。由于根据假因子的构造，假因子非活跃因子，所以该误差方差的估计值无偏。对于每个主效应，针对该估计值来检验主效应响应 YME。在本例中，甲醇、乙醇和时间这三个因子的 p 值小于阈值，作为活跃因子留下。有关阈值的详细信息，请参见阶段 1 方法。
由于在阶段 1 中标识了三个主效应为活跃效应，针对活跃二阶效应的经指导的子集选择过程将继续进行，直到包含所有二阶效应。由于阶段 2 报告了全部六个二阶效应，由此判定：阶段 2 RMSE 仍大于阶段 1 RMSE。请参见阶段 2 方法。
