選択した応答変数の計画行列によって、M行列が形成されます。このM行列の各列が、多変量検定のための変換を行うベクトルになります。［応答の選択］ボタンには、M行列の次のオプションがあります。
多変量分散分析で最も標準的な応答の計画行列は、［反復測定］と［単位行列］です。［対比］、［Helmert］、［プロファイル］、［平均］の各オプションによって行われる検定では、各ベクトルが同じ空間を張るので、ほとんど差がありません。ただし、「最小2乗平均」表と「パラメータ推定値」表に表示されている検定および詳細を見ると、それぞれの方法で異なる部分に焦点が置かれていることがわかります。
［反復測定］または［複合］を選択すると、応答側に対する効果（個体内効果＝時点の効果）の名前を指定するためのダイアログボックスが表示されます。それ以外に入力や設定するところはなく、実行すると、応答に対する個体間および個体内の変換が作成されます。［反復測定］、［複合］以外の計画行列を選択した場合は、設定パネルが拡張するので、そこで詳しい指定を行います。