また、［T2乗の分割］オプションは、共分散行列が悪条件（ill-conditioned）になる場合にも役立ちます。このような場合、固有値が小さい主成分（変動に対する寄与率が低い主成分）が、T2に大きく影響し、間違った結果に導く可能性があります。工程の振る舞いを調べるときは、こうした重要度の低い成分は無視した方が得策です。

このオプションを使うと、「大きな主成分のT2乗」と「小さな主成分のT2乗」という2つの多変量管理図が作成されます。たとえば、オプションの初回選択時に主成分数としてrを入力した場合、 「大きな主成分のT2乗」管理図は、大きいものからr個の固有値に対応するr個の主成分に基づいて作成されます。この場合のrは、「主成分分析: 共分散行列から」レポートの「寄与率」列と「累積寄与率」列から判断できる、変動の大半を説明している主成分の数です。「小さな主成分のT2乗」管理図は、残りの主成分に基づいて作成されます。

サブグループごとにおいて、「大きな主成分のT2乗」管理図のT2値と、「小さな主成分のT2乗」管理図のT2値の和は、「すべての主成分のT2乗」レポートに示される総T2値に等しくなります。 分割したT2値の計算方法の詳細については、Kourti and MacGregor（1996）を参照してください。