反復測定モデルの式は、yijk = aij + sik + eijkです。ここで、
aijは、処置iの時点jにおける平均です。
sikは、処置iを割り付けられた個体kの変量効果です。
j = 1,…,mは、時点を表します。
sikは、互いに独立なN(0, ss2)の正規分布に従うと仮定します。処置の水準数をt、個体の水準数をsとします。eijkの分布は、N(0,S)に従うと仮定されます。ここで、
および
Sのブロック対角成分、つまり、処置iでの個体kがもつ誤差共分散行列を、Sikとします(Sik = Var(yik|sik))。反復測定データの誤差は、多くの場合、独立ではないため、yijk|sikの間の共分散を推定する必要があります。それらの相関を考慮しないで分析した場合、誤った推測になる可能性があります。