ボルケーノプロットの例
「応答のスクリーニング」プラットフォームを使用して、4つの異なる形質にどのSNPが関連しているかを調べてみましょう。SNPは、遺伝的変異の一種です。ボルケーノプロットは、同じタイプの多数の仮説検定の結果を視覚化するのに便利です。この例では、すべての応答変数と説明変数が連続尺度であるため、すべての検定は単回帰分析から行われます。
1. ［ヘルプ］>［サンプルデータフォルダ］>「Life Sciences」を選択し、「Genotypes Pedigree.jmp」を開きます。
2. ［分析］>［スクリーニング］>［応答のスクリーニング］を選択します。
3. 「形質1」から「形質4」までを選択し、［Y, 応答変数］をクリックします。
4. 「Markers」列グループを選択し、 ［X］をクリックします。
5. ［Y変数は共通のスケール］と［X変数は共通のスケール］を選択します。
6. ［OK］をクリックします。
7. ［対数価値 By 傾き］タブを選択します。
図24.17 対数価値 By 傾き
「対数価値 By 傾き」プロット（ボルケーノプロットとも呼ばれる）で色がついている点は、偽発見率を考慮し、有意水準0.01で有意であることを示しています。この例では、プロットに赤い点のみがあります。これは、有意であるすべてのX変数が、単回帰で正の傾きを持っていることを示しています。したがって、形質に有意に関連するすべてのSNPについて、SNP値が高いほど、形質の値が大きくなることがわかります。「結果の表」には、個々の検定の結果が表示され、最も有意な検定が一番上に表示されます。上位の検定はすべて、「形質1」と「形質2」のものになっています。つまり、これらのSNPでは、「形質1」および「形質2」との関連が他の2つの形質との関連よりも強いと結論付けることができます。