本附录讨论不同类型的响应模型、模型因子、模型设计编码和参数化。它还包含本手册正文所述方法的很多其他详细信息。
JMP 系统将线性模型分为三种不同的响应模型进行拟合，即连续型、有序型和名义型。因子方面的很多详细信息对于不同响应模型是相同的，但是 JMP 仅支持连续响应的图形和边缘刻画，不支持有序型和名义型响应的图形和边缘刻画。
不同的计算机程序使用不同的设计矩阵编码，因而通过不同的参数化来拟合效应和构造假设检验。JMP 使用不用于 SAS 系统中的 GLM 过程的编码方式，尽管在多数情况下 JMP 和 SAS GLM 过程生成相同的结果。以下章节说明 JMP 编码的详细信息，当它不同于 SAS GLM 过程的结果时将突出显示这些情况。