多元嵌入的更多示例

在本例中，您使用多元嵌入的示例中的相同数据集，但将数据降至三维而不是二维。您还把 UMAP 方法和 t-SNE 方法之间的结果进行比较。

1. 选择帮助 > 样本数据文件夹，然后打开 Cytometry.jmp。

2. 选择分析 > 多元方法 > 多元嵌入。

3. 从 CD3 一直选择到 MCB，然后点击 Y，列。

4. 将 t-SNE 指定为“方法”。

5. 在“输出维”旁边键入 3。

6. （可选。）在“随机种子”旁边键入 1234。

注意：输入上面的种子可以重现本示例中所示的结果。

7. 选择保持对话框打开。

8. 点击确定。

图 11.4 三维 t-SNE 图的示例 

9. 在启动窗口中，将“方法”改为“UMAP”。

10. 点击确定。

图 11.5 三维 UMAP 图的示例 

每个三维图都显示了相应降维方法的前三个嵌入成分的坐标。将 UMAP 与 t-SNE 方法加以比较后发现，UMAP 方法所用的计算时间较少，同时也提供了更紧密的数据聚类。与图 11.4 中的三维 t-SNE 图相比，三维 UMAP 图中可见更多明显的聚类。

提示：您可以旋转该网格以便更清晰地查看聚类。

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