実験で使用するユニットに関して、ある特性が予め測定されていることがあります。そして、これらの測定値が、応答に影響を与えている場合があります。このような変数（「共変量」と呼ばれる）も、因子として計画に含めると便利です。共変量の値は制御できませんが、すべての効果の推定精度が高くなるように、それ以外の制御できる因子の値を変更することはできます。
「カスタム計画」プラットフォームでは、共変量から幾つかの値を最適な方法で選択することもできます。共変量の値は、共変量の情報が入った既存のデータテーブルから選択されます。このとき、実験回数には、既存のデータテーブルにおける実験ユニット数より小さい数を指定してください。「カスタム計画」プラットフォームでは、変更が困難な共変量も指定できます。作成した計画の実験回数が、共変量のデータテーブルの行数より少ない場合は、計画のデータテーブルに「共変量 行番号」という列が作成されます。この列の値は、それぞれの実験が共変量のデータテーブルのどの行に対応するかを示します。
注: 共変量のデータテーブルでは、共変量が欠測値でない行の数が、「実験の回数」以上でなければなりません。