この付録では、いろいろな種類の応答変数に対するモデルについて説明します。また、モデルの因子（説明変数）に対するコード変換（コード化、パラメータ化）の方法について説明します。ほかにも、いくつかの分析方法について、さらに詳しく解説します。
JMPの「モデルのあてはめ」では、連続尺度・順序尺度・名義尺度の3種類の応答に対して、それぞれ異なったモデルをあてはめます。因子の取り扱い方は、応答変数の尺度がどのようなものであっても同じですが、いくつかのグラフは連続尺度の応答変数だけにあって、順序尺度と名義尺度の応答変数にはありません。
モデルをあてはめたり、各効果の仮説を検定したりするには、各因子をコード変換する必要がありますが、コード変換の方法はソフトウェアによって異なります。JMPでは、SASシステムのGLMプロシジャとは違うコード変換を採用していますが、ほとんどの場合、結果はどちらの方法でも同じになります。以下の節では、JMPでのコード変換を詳しく紹介し、SASのGLMプロシジャと異なる点を、特に丁寧に説明します。